南方医科大学仪器设备精良，目前设备总值8亿多元人民币，其中A、B类设备达90%以上。有着良好的信息化教学环境，拥有装备现代的教学管理指挥中心和电化教学中心， 基本实现形态学科实验显微录像化、机能学科实验微机化。教学场所齐全，教室基本实现了空调化、网络化及电子化。新建的4人一间的本科生公寓实现了通电话、 通网络、通电视，拥有人工草皮的足球场和塑胶跑道的田径场。图书资料丰富，图书馆藏书近100万册，中外期刊2000多种约10万册。南方医科大学投资数千万元， 建成能连通因特网和中国教育科研网的校园网络、先进的光盘检索系统和卫星介导的图书数据库信息检索网络，实现了图书信息资源共享。

南方医科大学现有教学、科研、医疗用房55.7万平方米；总资产39.79亿元，其中固定资产31.5亿元（按原始价统计，不含地产），其中教医研设备总值7.8亿元。 建成了千兆级校园园区网络，所有教室和实验室实现了网络化、空调化、电子化。学生公寓可容纳1.6万名学生，并全部实现了通电话、通网络。 是军委确认的具有医学情报查新资格的院校之一。院有包括PET–CT在内的医疗设备9000余台(件)，设备总值达7.9亿元，其中南方医院医疗设备总值4.9亿元。1985年引进我国第1台，也是东南亚第1台核磁共振仪（MRI）（国内第2台是北京天坛医院），出版了国内第1部MRI专著，制定了国内第1个MRI诊断标准。 影像中心是全省几十家中小医院的远程会诊中心，为全国七年制统编教材《医学影像学》的主编单位。1999年全国首批、广东省首家引进PET，是广东省唯一能自己生产PET显像剂的单位，并供应省人民医院等医院。检查例数已达7300余例， 国内最多（第2位是上海华山医院）。1997年引进华南地区第1套三维适形放疗系统（俗称“光子刀”），已治疗3000余例，居华南地区首位（第2家为中山医肿瘤医院，2001引进，例数约为2000余例）。1999年10月引进了亚洲第1套氩氦刀治疗系统。

2002年引进国内第1套肿瘤光动力治疗系统，治疗各类肿瘤达200余例，为国内开展例数最多的单位。